Animais com manifestação clínica de colapso traqueal são abordados inicialmente por meio de tratamento medicamentoso, o qual é direcionado ao controle dos sinais clínicos decorrentes da doença. Não estão disponíveis medicações que comprovadamente melhorem o metabolismo da cartilagem, e os animais sempre correm o risco de desenvolver crises. Na maioria dos animais (cerca de 70%), é possível manter controle sintomático da doença por períodos prolongados (White e Williams, 1994).

Os corticoesteróides são utilizados com o intuito de diminuir a inflamação traqueal decorrente do colapso repetido da via aérea. Administra-se inicialmente prednisona por cinco a sete dias, mas o uso do fármaco pode ser prolongado caso necessário, ou utilizado de maneira intermitente (Lascelles, 2005)

Os broncodilatadores, apesar de não possuírem qualquer efeito sobre a patência traqueal, melhoram o fluxo respiratório, e são benéficos naqueles pacientes com manifestação de dispnéia. Utilizam-se medicações da classe dos agonistas beta2- adrenérgicos ou metilxantínicos. Estes últimos favorecem a depuração mucociliar e previnem a fadiga diafragmática. Os efeitos colaterais incluem hipotensão, taquicardia, vômitos e agitação. Cuidados especiais devem ser observados em pacientes cardiopatas, e a dosagem e tempo de terapia devem ser ajustados individualmente para cada paciente (Johnson, 2001; Lascelles, 2005).

Os antitussígenos podem ser administrados nos  acientes com manifestação de tosse crônica para dar  conforto ao paciente e diminuir o ciclo vicioso de osse-lesão tosse. As opções terapêuticas incluem agentes narcóticos e não narcóticos. . Os agentes supressores de tosse podem ser administrados de maneira contínua, de acordo com a necessidade de cada paciente, buscando-se ajuste de dose freqüência individuais (White e Williams, 1994; Johnson, 2001; Lascelles, 2005). podem ser administrados de maneira contínua, de acordo com a necessidade de cada paciente, buscando-se ajuste de dose e freqüência individuais (White e Williams, 1994; Johnson, 2001; Lascelles, 2005).

Dondi et al. (2002) estudaram os efeitos de stanozolol, um andrógeno sintético derivado da testosterona, em 13 pacientes com sinais clínicos de colapso traqueal, utilizando para tanto um score clínico. Foi observado que oito dos 13 animais apresentaram remissão dos sinais, e os cinco restantes mostraram improvimento no score clínico. Os autores atribuíram a melhora clínica observada aos efeitos de aumento da atividade sintética de matriz pelas células de tecido conjuntivo (condrócitos) ocasionado pelo fármaco. Este efeito é mediado por aumento da síntese de fator de crescimento tecidual (TGFβ-1). Apesar dos resultados aparentemente bons, alguns cuidados devem ser observados na interpretação destes dados. O trabalho em questão não utilizou grupo controle e, portanto, os efeitos observados podem não ser diretamente relacionados à ação do fármaco, e sim ao caráter intermitente de melhora e piora observado nestes pacientes. Estudos randomizados e duplo-cego devem ser efetuados para confirmar a ação benéfica da medicação nestes pacientes, uma vez que a possibilidade de melhorar a morfologia traqueal seria uma nova estratégia de tratamento.

A utilização de antibióticos normalmente é desnecessária. Apesar de bactérias serem comumente isoladas da traquéia de cães doentes e normais, não se observou sinais citológicos de inflamação em 13 cães portadores de colapso traqueal e com cultura bacteriana positiva. Recomenda-se a utilização de agentes antibacterianos apenas nos casos em que há evidências clínicas de infecção das vias aéreas inferiores, como febre, sinais sistêmicos como prostração e anorexia e padrão alveolar na radiografia pulmonar (Buback et al., 1996; Johnson, 2001; Johnson e Fales, 2001).

É importante reconhecer e tratar fatores que podem exacerbar o quadro clínico do paciente, tais como obesidade, bronquite crônica e insuficiência cardíaca esquerda . Alguns animais demonstram melhora substancial ou mesmo remissão dos sinais após manejo destas condições (Johnson, 2001).

De maneira alternativa, alguns pacientes podem apresentar manifestação aguda dos sinais clínicos com insuficiência respiratória, constituindo-se num quadro clínico emergencial. Nestes casos, deve-se proceder imediatamente com oxigenioterapia, administração de corticóides intravenosos como a dexametasona para diminuição do edema traqueal e broncodilatadores intravenosos como a aminofilina para melhorar o fluxo de ar para os pulmões. A sedação leve destes animais com acepromazina e opiódes (morfina, butorfanol ou meperidina) ajuda a diminuir a ansiedade causada pela dispnéia e suprimir a tosse. Em alguns casos pode ser necessária indução anestésica e intubação traqueal (Buback et al., 1996).